Vokiečių Ordino ekspansionistinė politika po krikščionybės platinimo priedanga buvo lūžio, įvykusio krikščionybėje po Otono III mirties (1002), rezultatas. Otono III numatytos Imperijos-Bažnyčios vietoje ėmė formuotis valstybės ne globalinės teokratijos, bet nacionalinių interesų pagrindu. Tai reiškė grįžimą prie jėga paremto tradicinio etnocentrizmo, todėl nenuostabu, kad ir pats Ordinas gavo tautinį pavadinimą (1191–1198: Ordo Theutonicus). Bažnyčia beliko tik kaip interesų derinimo centras, bet pamažu į žemiškas jos struktūras ėmė brautis panašus egoistinis interesas (kova su imperatoriais dėl valdžios buvo neišvengiama).

Įsitvirtinęs prūsų žemėse ir nuo 1237 m. užvaldęs Livoniją, Ordinas negalėjo sustoti. Kūrėsi dar viena vokietkalbė nacionalinė valstybė. 1236 m. Saulės mūšis sutrukdė visos Baltijos germanizaciją, bet šis pavojus neišnyko. Žemaitijos praradimas būtų reiškęs galutinį smūgį visiems baltams bei galingos vokietkalbės valstybės atsiradimą nuo Vyslos iki Narvos. Tai negalėjo atitikti ne tik Lietuvos, bet ir Lenkijos interesų. Todėl nepaisant kitų tikslų, labai svarbių pačiai Lenkijai, Žalgirio mūšio esmė buvo kova dėl Žemaitijos.

Nors atkaklus prūsų pasipriešinimas (faktiškai neleidęs Ordinui visų savo jėgų mesti į abiejų šakų sujungimą ir tuo išgelbėjęs Baltiją) ir labai išsekino prūsus, po galutinio pavergimo 1283 m. jų etninė situacija nebuvo beviltiška. Ordino valstybėje atskirų sričių (buv. genčių) prūsai buvo priversti suvokti save kaip vieną tautą (su vokietkalbe valdžia). Dalis prūsų didikų, laiku perėjusių į Ordino pusę, pateko į valdančias struktūras. Gyvavo laisvųjų prūsų sluoksnis, turėjęs privilegijas ir tebevartojęs prūsų kalbą. Neoficialiai buvo toleruojamos net prūsų pagoniškos apeigos.

1410 m. visų sluoksnių prūsai negalėjo būti suinteresuoti savo valstybės žlugimu. Nei Lietuva, nei Lenkija nebuvo jokios prūsų išvaduotojos, bet turėjo aiškius tikslus, tarp kurių nebuvo ir negalėjo būti vietos prūsų interesams. Savarankišką likimą ginant savo interesus prūsai buvo praradę jau 1283 m. Net neminint ekonominės katastrofos, nauja krašto okupacija būtų reiškusi tik vienų pavergėjų pakeitimą kitais ir polonizaciją vietoj germanizacijos. Ne tik prūsai baudžiauninkai nebūtų išlaisvinti, bet ir laisvųjų likimas būtų abejotinas.

Ordinui pralaimėjus, prūsų padėtis nepagerėjo visai ne dėl to, kad Ordinas neišnyko, ir net ne dėl to, kad mūšio lauke žuvo mažiausiai 5000 Ordino pusėje kariavusių prūsų (iš viso Ordino pusėje krito per 8000 karių), bet dėl valstybės ekonominio pakrikimo. Ordinas turėjo sumokėti milijoninę kontribuciją, liko prasiskolinęs užsienio karvedžiams. Kad nebūtų parduoti kartu su savo žemėmis už valstybės skolas į baudžiavą, vokiškai mokėję laisvieji prūsai bėgo į vokiškus miestus (kitų ir nebuvo), kuriuose kalbiškai galutinai vokietėjo. Laisvųjų prūsų beveik neliko. Likusieji baudžiauninkai tapo 1709–1711 m. maro ir bado aukomis. Su jais mirė ir prūsų kalba. Žalgirio mūšis tapo antrąja po Ordino įsiveržimo katastrofa prūsų istorijoje.